歷史沿革篇
古老的“絲綢之路”起始于中國，連接亞洲、非洲，最終到達歐洲大陸。它不僅是古代亞歐互通有無的商貿(mào)大道，更是促進亞歐各國與中國進行友好往來、文化溝通的友誼之路。自西漢張騫“鑿空西域”，首次開通絲綢之路以來，“西域”這一地理名詞作為絲綢之路必經(jīng)之地而聞名遐邇。斗轉(zhuǎn)星移，時空流轉(zhuǎn)，昔日的“西域”成為如今的“新疆”，隨著“絲綢之路經(jīng)濟帶”戰(zhàn)略規(guī)劃的推出，古老的絲綢之路日益煥發(fā)出新的生機與活力，而新疆也因其獨特的區(qū)位優(yōu)勢和向西開放的重要窗口，成為絲綢之路經(jīng)濟帶建設的核心區(qū)。
新疆分院成立于1957年7月30日，作為中國科學院在少數(shù)民族地區(qū)設立的唯一一所分院，具有重要的戰(zhàn)略意義。創(chuàng)立之初，新疆分院即定位為新疆的經(jīng)濟、社會、科技發(fā)展服務。改革開放以來，尤其是伴隨著西部大開發(fā)的強勁東風，新疆分院順利進入中國科學院國家知識創(chuàng)新工程序列，經(jīng)過60年的銳意進取、開拓創(chuàng)新，現(xiàn)已成為自治區(qū)重要的綜合性科學研究基地和高級人才培養(yǎng)基地、成為新疆“生態(tài)文明”建設領(lǐng)域的一支主導力量、成為中國科學院服務新疆的“橋頭堡”和高新技術(shù)的創(chuàng)新、集成和轉(zhuǎn)移基地、成為我國綜合性天文研究機構(gòu)之一，為新疆民族團結(jié)、社會穩(wěn)定和長治久安提供了有力的科技支撐。
一、分院籌建期(1957.7—1960.4)
新疆維吾爾自治區(qū)成立后不久，在時任新疆維吾爾自治區(qū)人民委員會主席包爾漢·沙赫德拉同志的倡議下，新疆維吾爾自治區(qū)人民委員會于1955年12月26日致函中國科學院，建議成立中國科學院新疆分院。1956年2月25日，中國科學院復函給自治區(qū)，表示同意成立新疆分院。
3月29日，自治區(qū)人民委員會第五次全體會議通過了由包爾漢任主任的14人中國科學院新疆分院籌備委員會，為中國科學院在新疆籌建分院開展前期工作。1957年7月30日，中國科學院發(fā)布通告：經(jīng)國務院批準，正式成立中國科學院新疆分院籌備委員會，由包爾漢·沙赫德拉(中國人民政治協(xié)商會議全國委員會副主席)兼任籌委會主任，艾斯海提·依斯哈科夫、吾依古爾·沙依然、谷苞為副主任。這個通告的發(fā)布，成為新疆分院建院歷史的發(fā)端。由此，分院創(chuàng)建者開始了白手起家、艱苦創(chuàng)業(yè)的建院過程。
中國科學院新疆分院籌委會成立之際，正值國家剛剛吹響“向科學進軍”的號角，為新疆分院籌建工作提供了趁勢而起的東風。根據(jù)當時我國編制的第一個科技發(fā)展規(guī)劃——《國務院1956年--1967年科學技術(shù)發(fā)展遠景規(guī)劃》，中國科學院系統(tǒng)在新疆建立的研究機構(gòu)中，自然科學方面的有動物、植物(附植物園)、土壤、地質(zhì)、地理、有機合成、天文等7個研究所(室、臺)，社會科學方面的計有歷史、語言民族文學、經(jīng)濟、考古等4個研究所(室)。1958年9月16日，新疆維吾爾自治區(qū)黨委結(jié)合本地經(jīng)濟建設的需求，批準新疆分院籌委會建立石油、地質(zhì)、冶金、化學、物理等5個研究所。后經(jīng)整合合并，新疆分院籌委會計劃建立的科研機構(gòu)共14個。
在中國科學院和自治區(qū)黨委、自治區(qū)人民委員會的支持和領(lǐng)導下，新疆分院籌委會設立了秘書科、計劃科、人事科和總務科4個工作機構(gòu)開展籌備工作。同時，分院籌委會確立“一邊籌建、一邊開展研究工作”的方針，逐步建立并擴展了下設的研究機構(gòu)。1957年，分院籌委會下設有歷史研究室、地質(zhì)研究組、地理研究組、生物研究組；第二年，增設化驗室和土壤研究組，保留歷史研究室和生物研究組，將地質(zhì)和地理兩個研究組合并為地質(zhì)地理研究室。1959年，自治區(qū)黨委批準分院成立的研究機構(gòu)有物理研究所、化學研究所、社會科學研究所、地質(zhì)地理研究室、生物土壤研究室、科學技術(shù)情報研究室、人造衛(wèi)星觀測站和圖書室等單位，同時決定隸屬自治區(qū)的農(nóng)業(yè)、林業(yè)、畜牧獸醫(yī)三個研究所也歸并到分院領(lǐng)導之下(編制屬于自治區(qū))，分院籌委會研究力量大大增強。
隨著各項籌備工作的就緒，新疆分院迎來正式建院的日子。1960年4月1日，經(jīng)中國科學院第二次院務會議通過并報經(jīng)國家科委批準，中國科學院新疆分院正式成立。新疆分院第一任院長由包爾漢擔任，副院長由涂治、王漢興、方明和谷苞擔任，秘書長由哈琳擔任。
當年年底，新疆分院職工人數(shù)達到814人，分院院部行政管理機構(gòu)設立有辦公室、人事保衛(wèi)處、業(yè)務計劃處和行政管理處四個處(室)；下設單位有中國科學院新疆分院物理研究所、中國科學院新疆分院化學研究所、中國科學院新疆分院民族研究所(編制在自治區(qū))、中國科學院新疆分院地質(zhì)研究室、中國科學院新疆分院生物研究組、中國科學院新疆分院土壤研究組、中國科學院新疆分院情報研究室、圖書館、試驗工廠等。
二、科研起步期(1960.4—1966.5)
作為中國科學院設立的省級分院，新疆分院建院以后，以中國科學院領(lǐng)導為主，同時接受自治區(qū)的雙重領(lǐng)導。新疆分院承擔的任務是：在地方黨政領(lǐng)導下，管理研究機構(gòu)的思想政治工作和行政工作；業(yè)務上在中國科學院院部的指導下，負責各科研機構(gòu)的學科方向、長遠規(guī)劃、年度計劃的審定，督促、檢查科研機構(gòu)研究計劃的執(zhí)行，開展學術(shù)交流活動，職工培訓，科研條件和生活后勤的保障與管理等。
1962年以后，根據(jù)黨中央提出的“調(diào)整、鞏固、充實、提高”八字方針，以及國家機關(guān)精簡機構(gòu)的指示，中國科學院開始撤銷省級分院，建立六個大區(qū)分院。新疆分院作為唯一建立在少數(shù)民族自治區(qū)的分院，在中國科學院精簡省級分院中被保留下來，接受新成立的中國科學院西北分院和新疆維吾爾自治區(qū)的雙重領(lǐng)導。1962年8月，自治區(qū)黨委在落實中央精簡機構(gòu)的指示中，決定自治區(qū)科委、科協(xié)和中國科學院新疆分院三個領(lǐng)導機關(guān)行政上合署辦公，統(tǒng)稱“三科”機關(guān)，黨的工作由“科學黨組”(又稱“三科黨組”)統(tǒng)一領(lǐng)導。新疆分院設立機關(guān)黨委，直屬研究機構(gòu)黨的工作由“三科黨組”和機關(guān)黨委統(tǒng)一領(lǐng)導，業(yè)務行政工作由分院領(lǐng)導。
新疆分院對直屬研究機構(gòu)和人員隊伍同樣進行了精簡調(diào)整。根據(jù)中國科學院西北分院《關(guān)于研究所機構(gòu)設置的幾項原則規(guī)定》，新疆分院院部設立的行政機構(gòu)有：機關(guān)黨委、辦公室、人事處(含保衛(wèi)科)、行政處(含財務科、總務科)和條件器材處。各研究機構(gòu)調(diào)整合并的情況如下：
物理研究所在成立之后不久，接受了中國科學院力學研究所移交的風能利用研究項目，1961年，代管人造衛(wèi)星觀測站和科學儀器廠。物理所設置的研究室和研究組有：原子能研究室、半導體研究組、計算技術(shù)研究組、人造衛(wèi)星觀測站等。
化學研究所剛成立時有無機、生化、半導體化學和技術(shù)四個組，經(jīng)過多次精簡調(diào)整為生化研究組和中心化驗組兩個研究單元。
1961年4月，在分院原有生物、地理、土壤等研究室和中國科學院新疆綜合考察隊下放的部分人員、設備的基礎上，合并中國科學院冰雪利用研究隊移交的天山觀測站及部分人員、中國科學院治沙隊移交的莎車和莫索灣兩個中心試驗站及部分人員，組成中國科學院新疆分院水土生物資源綜合研究所。綜合所內(nèi)的研究室和研究組有：地理室(包括水源利用研究組和綜合經(jīng)濟研究組)、生物室、土壤室和云霧物理研究組、沙漠改造利用研究組。
1962年，中國科學院對人衛(wèi)系統(tǒng)進行調(diào)整，烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站人員由10人精簡到4人，歸中國科學院人造衛(wèi)星觀測辦公室(與紫金山天文臺人造衛(wèi)星研究室是一套班子、兩塊牌子)直接領(lǐng)導，中國科學院新疆分院物理研究所仍為代管單位。
地質(zhì)研究室一度由水土所代管，后又由分院收回直接管理，分為水文、石油、巖礦、古生物、物探等五個專業(yè)研究組。
隨著研究工作的開展，新疆分院水土生物資源綜合研究所學科多、任務雜、戰(zhàn)線長的問題日益顯現(xiàn)。經(jīng)過新疆分院的權(quán)衡考慮，提出將承擔新疆水利資源、積雪資源、農(nóng)業(yè)地貌與生產(chǎn)布局等方面調(diào)查研究工作的地理室從水土所劃出，與新疆分院地質(zhì)室合并，成立地質(zhì)地理研究
所的調(diào)整方案。1965年7月19日，經(jīng)中國科學院西北分院同意，新疆分院成立地質(zhì)地理研究所，并將水土生物資源綜合研究所該名為生物土壤研究所。
經(jīng)過精簡調(diào)整后的分院研究機構(gòu)，緊密結(jié)合自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)及工礦業(yè)發(fā)展中最急迫的需要開展研究工作。為了配合科研工作的開展，新疆分院和下屬研究機構(gòu)在這一時期相繼關(guān)閉了莎車治沙站等野外站點，同時新建了瑪納斯土壤站、庫爾勒遺傳站、新和土壤改良站、地磁臺工程等。
三、“文革”時期(1966.5—1977.11)
1966年5月，我國進入了“文化大革命”“十年動亂”時期，新疆分院職工參與“全國大串聯(lián)”活動，使分院管理和業(yè)務研究工作受到一定影響。1967年“一月奪權(quán)”后，“三科”領(lǐng)導機關(guān)陷入癱瘓。3月15日后，軍隊介入地方政權(quán)管理，新疆軍區(qū)先后幾次派軍宣隊進駐“三科”機關(guān)及下屬單位，代替“三科”機關(guān)及新疆分院各級組織行使領(lǐng)導權(quán)。
1970年5月，經(jīng)自治區(qū)革命委員會批準，自治區(qū)科委、科協(xié)和中國科學院新疆分院分別成立革命委員會，取代了“三科”機關(guān)，工作機構(gòu)也由政工、辦事、生產(chǎn)三大組取代了“三科”機關(guān)下設的辦公室、人事處、行政處，新疆分院直屬研究機構(gòu)也相繼成立革命委員會。
7月15日，中國科學院報請國務院批準，撤銷新疆分院，將新疆分院所屬的研究機構(gòu)全部下放給自治區(qū)管理。8月20日，新疆維吾爾自治區(qū)革命委員會決定成立新疆地震隊，中國科學院新疆分院地質(zhì)地理所并入新疆地震隊，由自治區(qū)科學技術(shù)委員會革命委員會領(lǐng)導。9月，新疆維吾爾自治區(qū)革命委員會決定將科委、科協(xié)和科學分院三個領(lǐng)導機關(guān)改為自治區(qū)科技局，原屬新疆分院的研究機構(gòu)歸自治區(qū)科技局(后又改為科委)領(lǐng)導。1972年5月，前烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站改為中國科學院和新疆維吾爾自治區(qū)雙重領(lǐng)導，紫金山天文臺為業(yè)務歸口單位。
在新疆分院及所屬研究機構(gòu)下放自治區(qū)領(lǐng)導期間，自治區(qū)科委(科技局)完整地保留了各單位的人員、設備，并繼續(xù)組織開展相應的科研工作。1974年，生物土壤所更名為生物土壤沙漠所。正是由于各研究所在隸屬自治區(qū)科委(科技局)時期繼續(xù)開展科研工作，為新疆分院后來的恢復重建和發(fā)展保全了力量。
四、恢復調(diào)整期(1977.11—1998)
1976年10月6日，以華國鋒、葉劍英、李先念等為代表的中共中央政治局，采取斷然措施，粉碎了“四人幫”，結(jié)束了“文化大革命”的“十年動亂”，黨和國家各項事業(yè)萌發(fā)出新的活力。1977年，復出后的鄧小平主動要求主管科技和教育工作，提出“科學技術(shù)就是第一生產(chǎn)力”的著名論斷，猶如一聲驚雷，復蘇了科學的春天。
1977年10月30日，新疆維吾爾自治區(qū)黨委致函中國科學院，認為文革前中國科學院新疆分院的設立，對當時自治區(qū)的科技和經(jīng)濟發(fā)展起到了積極的促進作用，應當恢復新疆分院，以便促進撥亂反正后新疆科技與經(jīng)濟的新一輪發(fā)展。中國科學院根據(jù)這一要求，向國務院上報了關(guān)于恢復新疆分院的請示，得到黨中央、國務院的高度重視，鄧小平在報告上批示“擬同意”。11月27日，黨中央、國務院正式批文，同意新疆分院自1978年3月1日起恢復。在中央指定恢復分院的這一天，新疆分院召開了隆重的職工慶祝大會，標志著中國科學院新疆分院在經(jīng)歷十年曲折歷程之后正式重建。
伴隨著新疆分院的恢復，下放到自治區(qū)的科研機構(gòu)也回到中國科學院的業(yè)務領(lǐng)導之下。1978年9月29日，經(jīng)新疆分院與自治區(qū)協(xié)商，并報請中國科學院批準，共恢復了中國科學院新疆物理研究所、中國科學院新疆化學研究所、中國科學院新疆生物土壤沙漠研究所、中國科學院烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站、科學儀器廠、圖書館七個院屬業(yè)務單位。地質(zhì)地理研究所在文革期問轉(zhuǎn)制成為新疆地震大隊，此時也抽出原屬地質(zhì)地理所地理室的人員，與生土所部分地理專業(yè)人員組建了中國科學院新疆地理研究所，歸屬科學院管理?；貧w后的院屬研究所，名稱上有所變動，省去了下放以前原名稱中的“分院”兩字，如中國科學院新疆分院物理研究所更名為中國科學院新疆物理研究所，以此類推。這一時期，中國科學院實行院所兩級管理體制，各研究機構(gòu)和業(yè)務(學科方向、科研任務)分別由中國科學院有關(guān)學部指導，其他工作均由分院直接領(lǐng)導。
但是，由于院屬新疆各研究機構(gòu)回歸之初的級別為縣團級，比中國科學院院所兩級領(lǐng)導體制要求的級別低，同時新疆分院還作為一個典型的基地性分院發(fā)揮作用，因此，在實際工作中，中國科學院設在新疆的機構(gòu)當時還實行中國科學院、分院、研究所三級領(lǐng)導體制。
1985年4月10日，中國科學院下發(fā)文件，明確要求設在新疆的研究機構(gòu)和中國科學院院所兩級領(lǐng)導體制一致，新疆分院作為中國科學院派出機構(gòu)，代表中國科學院院領(lǐng)導設在新疆的研究機構(gòu)。隨后，經(jīng)中國科學院與自治區(qū)黨委、政府協(xié)商，自治區(qū)編制委員會于1989年批準院屬四個研究所升格為二級局(副廳局)單位，1995年再次升格為正廳級單位，與中國科學院院所兩級體制的要求相符合，充分體現(xiàn)了自治區(qū)黨委和人民政府對于中國科學院駐新疆單位的關(guān)心和支持。
1983年5月5日，新疆物理所向中國科學院呈報了《關(guān)于新疆物理所改革、整頓工作方案》，方案得到了中國科學院和新疆分院的批準，新疆物理所被列為中國科學院改革試點所之一。新疆物理所在實施改革中，先后成立了新疆傳感器儀表公司、新疆大通電子高技術(shù)公司、新疆計算機控制工程公司和新疆熱縮材料有限公司四個開發(fā)實體，成功走出一條科技開發(fā)的道路。其他所、站也先后依此進行改革，建立科技開發(fā)渠道。
1985年中央發(fā)布《中共中央關(guān)于科學技術(shù)體制改革的決定》后，新疆分院及院屬單位在中國科學院的統(tǒng)一部署下，開始改革嘗試。第二年起，各研究所相繼實行所長負責制，并逐步推行課題核算責任制，擴大研究所和課題組的自主權(quán)，促使科技事業(yè)向影響深遠的發(fā)展時期邁進。
1985年1月1日起，經(jīng)過中國科學院同意，烏魯木齊人衛(wèi)站在國際交流工作中使用“中國科學院烏魯木齊天文站”的中英文印鑒。1987年10月26日，中國科學院正式批準“中國科學院烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站”更名為“中國科學院烏魯木齊天文站”。
1991年，根據(jù)《中國科學院三定方案》中提出的“一院兩種運行機制”的發(fā)展模式，新疆分院機關(guān)設立辦公室、計劃條件處、高技術(shù)企業(yè)處、人事教育處、監(jiān)察審計處、行政基建處、保衛(wèi)處、財務處8個處室和黨委辦公室、開發(fā)新疆科研工作辦公室、《中國科學報》新疆記者站3個機構(gòu)，開展領(lǐng)導與服務工作。同時，新疆分院機關(guān)還對新設立的外事處(含國際學術(shù)交流中心、科學探險協(xié)會新疆分會)、生活后勤服務中心、圖書館、科學儀器廠、分院子女小學、專利事務所等6個事業(yè)單位行使主管權(quán)利。經(jīng)核定，分院機關(guān)編制82人，附屬單位編制270人，代管單位編制4人。
隨著1995年《中共中央、國務院關(guān)于加速科學技術(shù)進步的決定》和1996年國務院《關(guān)于“九五”期間深化科技體制改革的決定》相繼出臺，國家科教興國和可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略進一步明確，中國科學院也相繼頒布了一系列管理條例，推進包括機構(gòu)設置和編制管理在內(nèi)的多種體制改革措施。新疆分院在積極推動和協(xié)調(diào)研究所進行改革的同時，本著調(diào)整結(jié)構(gòu)、精干隊伍、強化服務、明確工作職能、完善運行機制的原則，積極推進分院機關(guān)的改革。分院機關(guān)人員編制縮減到61人，設立的處室調(diào)減為7個，分別是：辦公室、黨辦人教處、科研開發(fā)處、監(jiān)察審計處、財務處、公安處和行政基建處。分院附屬單位為圖書館(新疆信息文獻中心)和科學儀器廠、后勤服務中心、科學院子校、幼兒園、分院接待中心。
1992年6月，中國科學院批準新疆物理研究所《關(guān)于勞動工資和人事制度試點工作方案》。新疆物理所被列為中國科學院“擴大勞動工資和人事制度改革"50個試點單位之一。1995年，物理所行政管理改革初步實現(xiàn)了管理與服務職能分離，中層干部全部實行了“聘任制”，管理部門按任務、職務、目標重新定崗，完成了職員套改。1996年，新疆物理研究所專業(yè)技術(shù)職務實行按需設崗、按崗聘任；1997年，對專業(yè)技術(shù)職務人員全面實行簽訂《聘任責任書》的制度；1999年，實行了“全員勞動合同制”聘用和聘任工作。其他研究所、站也相繼進行了同類改革，實行專業(yè)技術(shù)職務分級，實行工資總額包干，管理人員職員職級制，工人考工定級，初步打破了長期存在的“大鍋飯”和平均主義，初步解決了“人浮于事”的問題。
經(jīng)過恢復重建以來20年的調(diào)整和改革實踐，新疆分院和院屬單位改變了原來單一、封閉的計劃管理體制，各研究所走上面向市場、自主開發(fā)的道路，圍繞國家、自治區(qū)國民經(jīng)濟建設的主戰(zhàn)場，投入主要科技力量積極開展適應社會需求的科研開發(fā)活動，不斷取得具有相當影響力的研發(fā)新成就。
1998年初，在歷時近半年的戰(zhàn)略研究基礎上，中國科學院向黨中央提出了《迎接知識經(jīng)濟時代，建設國家創(chuàng)新體系》的研究報告。2月4日，江澤民總書記在報告上做出重要批示：“知識經(jīng)濟、創(chuàng)新意識對于我們21世紀的發(fā)展至關(guān)重要。東南亞的金融風波使傳統(tǒng)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展有所減慢，但對產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)的調(diào)整則提供了機遇，科學院提了一些設想，又有一支隊伍，我認為可以支持他們搞些試點，先走一步，真正搞出我們自己的創(chuàng)新體系?！备鶕?jù)這一批示，中國科學院結(jié)合自身改革與發(fā)展的實際，向國務院提交了《關(guān)于實施知識創(chuàng)新匯報提綱》。6月，國務院科教領(lǐng)導小組第一次會議審議并原則通過了這個提綱，中國科學院率先在全國進行國家知識創(chuàng)新工程的試點工作。
五、創(chuàng)新發(fā)展期（1998-2010）
知識創(chuàng)新工程的實施，為地處邊疆的新疆分院帶來新的發(fā)展機遇。1999年，烏魯木齊天文站與中國科學院其它天文臺站一起首批進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點單位，重點發(fā)展射電天文學，發(fā)揮VLBI不可替代的國際聯(lián)測地位，開創(chuàng)了科研發(fā)展的新局面；2001年，中國科學院國家天文臺成立，烏魯木齊天文站改名為“中國科學院國家天文臺烏魯木齊天文站”。自進入知識創(chuàng)新工程以后，烏魯木齊天文站建設和完善了25米射電天文望遠鏡天線系統(tǒng)，被列入國家天文臺五大觀測基地之一。
1998年，新疆生土所和新疆地理所根據(jù)中國科學院基地型研究所建設的要求，展開了兩所聯(lián)合重組工作，進行了一系列實驗室建設和野外站點改造工程，實現(xiàn)資源配置優(yōu)化，為進入創(chuàng)新基地積極準備條件。7月，在兩所聯(lián)合重組基礎上中國科學院新疆生態(tài)與地理研究所(以下簡稱新疆生地所)掛牌成立；12月，新所完成研究室整合，將原兩所的十三個研究室、三個技術(shù)室調(diào)整為五個研究室，任命了研究室主任。在分院機關(guān)的幫助和支持下，新疆生地所按中國科學院確定的指導方針，健全機構(gòu)，加快內(nèi)部調(diào)整，落實重大課題，形成新的運行機制，為進入知識創(chuàng)新試點工程做好準備。同年，新疆生地所被納入知識創(chuàng)新工程基地型研究所，并于2001年進入知識創(chuàng)新二期試點單位序列，為建設中亞干旱區(qū)資源環(huán)境和可持續(xù)發(fā)展研究基地發(fā)揮主力作用。
新疆分院機關(guān)在中國科學院知識創(chuàng)新工程實施的新形勢下，于1999年啟動機關(guān)改革的步伐，出臺《中國科學院新疆分院機構(gòu)、崗位設置及職責》改革方案，按照“按需設崗、按崗聘用、公開告示、競爭上崗”和“公開、公平、公正”的原則。在機構(gòu)改革和調(diào)整方面，新疆分院機關(guān)由原來的7個處室，精減為4個處室，分別是綜合辦公室(編制4人)、人事教育處(編制3.5人)、科技開發(fā)處(編制3人)、財務基建處(編制3.5人)；并設立了機關(guān)支撐機構(gòu)和機關(guān)單設機構(gòu)以及機關(guān)后勤服務組。分別是：公安處、地區(qū)聯(lián)合審計組、離退休人員辦公室、分院工會。另外，新疆分院機關(guān)新一輪的改革針對有多年管理經(jīng)驗、又具有較高政策水平、未到退休年齡的副處以上干部，設立了咨詢調(diào)研室，含有編制4人。
2001年，新疆分院根據(jù)中國科學院科發(fā)人教字[2001]415號《關(guān)于分院改革的指導意見》精神，依據(jù)明確職能、精簡機構(gòu)、優(yōu)化人員、提高效率的要求，通過合理的設崗，公平、公開的競聘，進一步優(yōu)化了新疆分院的機關(guān)管理隊伍。新的改革方案為：分院機關(guān)管理崗位設16人(包括3位院領(lǐng)導)，設職能處室3個，分別是：綜合辦公室，崗位職數(shù)4人，設正副主任各1人，管理崗位2人；組織人事處，崗位職數(shù)5人，設正副處長各1人，管理崗位3人；科技合作處，崗位編制4人，設處長1名，財務主管1人，管理崗位2人。2002年，改革后的新疆分院進入中國科學院知識創(chuàng)新工程的序列。
2001年后，新疆分院集中力量著手新疆物理所與新疆化學所聯(lián)合重組的準備工作，協(xié)調(diào)幫助兩所領(lǐng)導班子和科技人員統(tǒng)一認識，討論研究所在中國科學院體制轉(zhuǎn)換過程中和西部大開發(fā)啟動階段的發(fā)展模式。2002年3月28日，中國科學院新疆理化技術(shù)研究所(以下簡稱新疆理化技術(shù)研究所)在兩所合并重組的基礎上掛牌成立，這是中國科學院實施國家知識創(chuàng)新工程，進行研究所結(jié)構(gòu)調(diào)整，更好地為西部大開發(fā)服務的一項重大舉措。原新疆物理所輻射物理和敏感材料專業(yè)在全國處于領(lǐng)先水平，計算機應用研究與開發(fā)在新疆起到帶頭作用。原新疆化學所在石油天然氣開采的相關(guān)領(lǐng)域(如強化采油表面化學方面)、生物化學(生物資源的深加工和利用)、基因?qū)爰夹g(shù)和育種方面形成了在國內(nèi)有特色和優(yōu)勢的學科。兩所合并以前，《復合驅(qū)強化采油技術(shù)中重大基礎性研究項目》《中型水泥窯自動化控制》《MOS電路輻射效應及其加固的研究》《30萬噸合成氨污水中重金屬鎳的處理》《焦爐加熱微型機最優(yōu)控制系統(tǒng)》等一大批實用性成果成功解決了國民經(jīng)濟建設中的重大問題，為地方經(jīng)濟發(fā)展提供了有力的科技支撐。新疆理化技術(shù)研究所在原物理所和原化學所的基礎上，通過對學科的重新調(diào)整，優(yōu)化資源配置，實現(xiàn)了合理學科布局，優(yōu)勢互補，成為一個以高技術(shù)創(chuàng)新和發(fā)展為主體的研究所，重點面向新疆國民經(jīng)濟和社會發(fā)展在生物資源、能源、材料深度加工以及信息技術(shù)方面的需求，開展在這些領(lǐng)域的高技術(shù)創(chuàng)新并帶動和發(fā)展高新產(chǎn)業(yè)，為區(qū)域經(jīng)濟發(fā)展與結(jié)構(gòu)調(diào)整提供有力的技術(shù)支持。隨著該所對油田輕烴的綜合深加工技術(shù)和利用、多晶氧化物半導體微結(jié)構(gòu)的修飾和控制、構(gòu)建新疆特有生物資源的名特藥物開發(fā)高技術(shù)平臺、糖脂肪酸脂表面活性劑中試、“數(shù)字新疆”關(guān)鍵技術(shù)研究、抗輻射加固共性關(guān)鍵技術(shù)研究、極端環(huán)境條件下的特種傳感器研制等重大項目實施和一批高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化目標的實現(xiàn)，新疆理化技術(shù)研究所進入中國科學院知識創(chuàng)新工程的條件逐漸成熟。同年5月，新疆理化技術(shù)研究所順利進入知識創(chuàng)新工程二期試點。
進入知識創(chuàng)新工程試點序列后，新疆分院機關(guān)和各所、臺在用人機制、分配機制、科研機制、人才培養(yǎng)機制、院地合作機制等各方面都作出了改革，進一步精簡人員、提高效率，加大投入力度，瞄準世界科學前沿和區(qū)域發(fā)展的重大需求，創(chuàng)新工作領(lǐng)域和工作方式，開展卓有成效的基礎科學研究和技術(shù)集成工作，取得了顯著的研究成果，為新疆分院進一步發(fā)展奠定了堅實的基礎。
2006-2010年中科院以爭取承擔國家科技任務為重點，以科技創(chuàng)新基地建設為抓手，全面啟動知識創(chuàng)新工程三期工作，新疆分院按照相中科院要求，全部進入知識創(chuàng)新工程三期，不斷研發(fā)創(chuàng)新成果，促進成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化，取得了一大批基礎性和應用性的科研成果。
六、“創(chuàng)新2020”“率先行動”期（2010—至今）
2010年4月21日，中國科學院召開全院視頻會議，時任院長、黨組書記路甬祥就中科院實施“創(chuàng)新2020”提出要求，下半年啟動試點，2011年全面實施?！皠?chuàng)新2020”總體目標：經(jīng)過10年努力，有效解決一批事關(guān)中國現(xiàn)代化全局的戰(zhàn)略性科技問題，在一些重要領(lǐng)域進入世界前列，培養(yǎng)凝聚一支高水平科技創(chuàng)新隊伍，形成一批高水平科技創(chuàng)新平臺與成果轉(zhuǎn)化基地，在中國科技事業(yè)發(fā)展中發(fā)揮服務全局、骨干引領(lǐng)和示范帶動作用，成為在世界上有重要影響的一流研究機構(gòu)。中科院實施“創(chuàng)新2020”是黨中央國務院著眼于應對國際金融危機和后危機時代的大變革、大調(diào)整、大發(fā)展，著眼于抓住新一輪科技革命的重要歷史機遇，著眼于促進我國經(jīng)濟社會科學發(fā)展、創(chuàng)新發(fā)展和可持續(xù)發(fā)展做出的重要戰(zhàn)略部署。中科院黨組按照中央關(guān)于新疆工作的部署和西部大開發(fā)精神，多次對新疆分院十二五規(guī)劃及“創(chuàng)新2020”思路的制訂做出指示。同年7、8月間，路甬祥院長兩次致信新疆分院對分院及兩所一站創(chuàng)新2020戰(zhàn)略規(guī)劃的制訂工作提出了具體要求，并委托詹文龍、丁仲禮兩位副院長赴新疆聽取了規(guī)劃制訂工作的初步匯報。根據(jù)兩位副院長及自治區(qū)領(lǐng)導的要求，新疆分院及兩所一站近期加強了與自治區(qū)及兄弟院所的對接，進一步修訂規(guī)劃設想。
2013年7月17日，習近平總書記視察中科院并發(fā)表重要講話，充分肯定了我院60多年來的創(chuàng)新成就，高度評價我院是一支黨、國家、人民可以依靠、可以信賴的國家戰(zhàn)略科技力量，要求我院發(fā)揮集科研院所、學部和教育機構(gòu)于一體的優(yōu)勢，不斷出創(chuàng)新成果、出創(chuàng)新人才、出創(chuàng)新思想，并提出實現(xiàn)“四個率先”的要求，即“率先實現(xiàn)科學技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設國際一流科研機構(gòu)”。
從2013年下半年開始，院黨組認真學習、深刻領(lǐng)會黨中央、國務院領(lǐng)導重要講話和指示精神，深入分析外部形勢發(fā)展對我院提出的新任務和新要求，深入分析我院已有的基礎、優(yōu)勢和差距，形成了《“率先行動”計劃》總體框架，經(jīng)2013年冬季黨組擴大會議審議原則通過，并于2015年2月12日對外發(fā)布了新時期的辦院方針，具體為“三個面向”、“四個率先”——面向世界科技前沿，面向國家重大需求，面向國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場，率先實現(xiàn)科學技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設國際一流科研機構(gòu)。新疆分院按照中國科學院新時期的辦院方針，積極推動各研究所臺機構(gòu)分類改革，新疆生地所進入特色研究所、新疆理化技術(shù)研究所部分進入藥物創(chuàng)新研究院、新疆天文臺整體進入大科學院研究中心。
